En el marco de una Conferencia Mundial de la Internacional Socialista liderada por el presidente peruano para ese momento, Alan García Pérez, los internos del Partido Comunista del Perú iniciaron un motín en tres penales (El Frontón, San Juan de Lurigancho y en el de mujeres Santa Bárbara).
En la cárcel de Lurigancho los funcionarios entraron a buscar armas, al no encontrarlas decidieron separar a los reclusos comunes de los catalogados «terroristas» (integrantes del partido Izquierda Unida) y se les cortó el suministro de agua y comida.
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El 19 de junio se suman a una protesta de otras cárceles y un operativo militar-policial integrado por entre 700 y mil efectivos del Ejército y 200 de la Guardia Republicana iniciaron la orden de operación exterminio. «Nadie podía salir vivo» fue la orden.
Los prisioneros comenzaron a salir uno a uno y fueron obligados a tirarse al suelo con las manos en la nuca para ser exterminados.
En la prisión de mujeres de Santa Bárbara iniciaron una huelga, que originó la suspensión de las visitas, lo que provocó una serie de protestas en las afueras del penal.
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Mientras que en El Frontón abrieron fuego con ametralladoras sin objetivo claro, también dispararon dos misiles para matar a los reclusos. Según familiares, las víctimas fueron entre 350 a 450 presos, pero las autoridades dicen que fueron 60 u 80.
El 16 de agosto del 2000 la Corte Interamericana de Derechos Humanos responsabilizó al Estado por el caso de la matanza de los penales, alegó que era su obligación aclarar los hechos sucedidos y a los responsables.
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